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Combinação de abordagens de análises de novo e guiadas pelo genoma para explorar dados de RNA-Seq de sementes oleaginosas para anotação de vias de ácidos graxos. Infoteca-e
LEMOS, V. N. S.; TOGAWA, R. C.; COSTA, M. M. do C.; RECH FILHO, E. L.; GRYNBERG, P..
Elaeis guineensis (dendê), Jatropha curcas (pinhão-manso) e Ricinus communis (mamona) produzem ácidos graxos que podem ser utilizados como fonte renovável na matriz energética, apresentando um grande potencial biotecnológico para as indústrias da área. O objetivo deste trabalho foi identificar transcritos relacionados com a síntese de ácidos graxos e inferir a sua presença em vias metabólicas. Para isso, o RNA total de sementes destas três espécies foi extraído e sequenciado. Os transcritomas foram montados utilizando abordagens de novo e guiados pelo genoma e filtrados com o programa Evidential Gene para a obtenção de resultados robustos. Uma base de dados contendo 527 sequências de 170 códigos de enzimas únicos de 12 vias de metabolismo de ácidos graxos...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Pinhão-manso; RNA-Seq; Vias metabólicas; Dendê; Mamona; Elaeis Guineensis; Jatropha Curcas; Ricinus Communis.
Ano: 2021 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1131672
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DataMusa: banco de dados de genômica de Musa spp. Infoteca-e
SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; MOTA, M.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
A Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD) iniciaram, em 2002, o projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e com o objetivo de desenvolver as bases de um programa de genômica e biotecnologia de banana no Brasil. Este projeto resultou na criação do DATAMusa, um banco de dados de genômica de banana composto de informações de Genômica Estrutural (seqüências de clones de uma biblioteca de BAC), de Transcriptoma (Expressed Sequence Tags - ESTs) e de Análogos de Genes de Resistência (Resistance Genes Analogs -...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: DataMusa; Transcriptoma.; Banana; Musa Acuminata..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/175827
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Genômica estrutural de Musa acuminata ssp. burmannicoides var. Calcutta 4. Infoteca-e
SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; MILLER, R. N. G.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P..
O projeto de pesquisa intitulado "Análise da Estrutura Primária do Genoma A de Musa acuminata", financiado pelo Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), e executado pela Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, em parceria com a Universidade Católica de Brasília (UCB) e o Centro Francês de Pesquisa Agrícola para o Desenvolvimento Internacional (CIRAD), no período de fevereiro de 2002 a junho de 2005, resultou na criação do DATAMusa. O DATAMusa é um banco de dados de genômica de banana composto de informações de genômica estrutural, de transcriptoma e de análogos de genes de resistência. A parte referente a genômica estrutural é resultado da produção e caracterização de cinco clones de BAC, selecionados utilizando-se sonda do projeto...
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Banana; Genoma; Musa Acuminata..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/175819
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Identificação e caracterização de microssatélites e desenho de Primers de sequências expressas de Brachiaria brizantha. Infoteca-e
BUSO, G. S. C.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CARNEIRO, V. T. de C..
bitstream/item/134148/1/comunicado-tecnico-198.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Microssatélites.; Brachiaria Brizantha..
Ano: 2015 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1029775
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Identificação e caracterização funcional de genes em estudos comparativos dos genomas de Mycosphaerella graminicola e Mycosphaerella fijiensis. Infoteca-e
MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JUNIOR, M. T. de; BRAMMER, S.; BONATO, A. L.; NHANI, A..
bitstream/CENARGEN-2009-09/31588/3/bp237_1208.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Caracterização funcional.; Genoma; Fungo; Identificação; Mycosphaerella Fijiensis.; Mycosphaerella graminicola..
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/191237
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Identificação e caracterização funcional de genes em estudos comparativos dos genomas de Mycosphaerella graminicola e Mycosphaerella fijiensis. Infoteca-e
MARTINS, N. F.; TOGAWA, R. C.; SOUZA JUNIOR, M. T. de; BRAMMER, S.; BONATO, A. L.; NHANI, A..
bitstream/CNPT-2010/41008/1/bp237-1208.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Fungo.; Fungi..
Ano: 2008 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/852787
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Transcriptoma de Musa acuminata no dataMusa. Infoteca-e
SOUZA JÚNIOR, M. T.; SANTOS, C. M. R.; MARTINS, N. F.; SILVA, F. R. da; TOGAWA, R. C.; CASSIANO, L. P.; ALMEIDA, E. R. P. de; COELHO, M. C. F.; CAETANO, A. R.; CIAMPI, A. Y.; PIFFANELLI, P.; MILLER, R. N. G..
bitstream/CENARGEN/26682/1/bp109.pdf
Tipo: Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento (INFOTECA-E) Palavras-chave: Transcriptoma; DataMusa.; Banana; Musa Acuminata..
Ano: 2005 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/187096
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Transferibilidade de Primers Microssatélites Desenhados de Sequências Expressas de Brachiaria brizantha para B. decumbens e B. humidicola. Infoteca-e
BUSO, G. S. C.; CARVALHO, N.; LEITE, P. H. dos S.; CANELA, F. M.; SOUZA, J.; DUSI, D. M. de A.; TOGAWA, R. C.; AMARAL, Z. P. de S.; CHIARI, L.; CARNEIRO, V. T. de C..
bitstream/item/151455/1/comunicado-tecnico-202.pdf
Tipo: Comunicado Técnico (INFOTECA-E) Palavras-chave: Primers SSR; Transferibilidade.; Brachiaria Humidicola; Brachiaria Brizantha; Brachiaria Decumbens; Gramínea..
Ano: 2016 URL: http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/infoteca/handle/doc/1058236
Registros recuperados: 8
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